Il Centro Ricerca Cetacei collabora per progetti specifici o per la formazione di studenti con le seguenti università:

Università degli Studi di Milano
Università di Bologna
Università di Pisa
Università di Cagliari
Università di Genova
Università di Trieste
Università di Bari
Università di Torino
Università di Messina
Università di Padova
Università di Ancona

Di particolare rilievo è la collaborazione con la Guardia Costiera e soprattutto le strutture periferiche presenti in mare che collaborano attivamente ed efficacemente nel fornire le schede dati e offrono costante assistenza in navigazione.