Il Centro Ricerca Cetacei collabora per progetti specifici o per la formazione di studenti con le seguenti università:

Università degli Studi di Milano
Università di Bologna
Università di Pisa
Università di Cagliari
Università di Genova
Università di Trieste
Università di Bari
Università di Torino

Di particolare rilievo è la collaborazione con la Guardia Costiera e soprattutto le strutture periferiche presenti in mare che collaborano attivamente ed efficacemente nel fornire le schede dati e offrono
costante assistenza in navigazione.

La Guardia Costiera è il principale collaboratore del Centro Ricerca Cetacei per le segnalazioni di animali spiaggiati o in difficoltà e l'assistenza durante gli interventi in mare.